公司申请卫生许可证的办理流程如下：

1. 申请：企业向卫生行政部门提出卫生许可证申请。
2. 受理：卫生行政部门收到申请后，会对申请进行审查，如果符合要求，会做出受理决定并通知申请企业。
3. 审查：负责审批的卫生监督员根据相关卫生法规、标准对现场进行审查。审查完成后，会由负责人对审查结果进行审核。
4. 决定并公示：审核通过后，会做出准予卫生许可证的决定，并告知申请企业。如果企业符合条件，会发放卫生许可证，并且许可证信息会在网站上进行公示。

卫生许可证由生产经营场所的卫生安全负责人陪同办理，并携带相关证件和材料。办理时需提交的资料通常包括：卫生安全管理制度；法定代表人、业主或负责人身份证复印件；饮用水安全配送协议书、供水单位出具的水质化验报告；生产经营场所平面布局图；新建、改建、扩建单位的竣工验收卫生评价报告。

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